De mutatie die verantwoordelijk is voor de cacaokleur bij de Franse bulldog is geïdentificeerd in het gen voor het Hermansky-Pudlak syndroom 3 (HPS3). Honden die homozygoot zijn voor deze mutatie zijn donkerder bruin dan honden die gemuteerd zijn voor de bruine kleur (Locus B). Bij mensen en muizen worden mutaties in het HPS3-gen in verband gebracht met symptomen als slechtziendheid, abnormale oogpigmentatie en bloedingen. Deze effecten van de mutatie zijn niet gemeld bij honden die homozygoot zijn voor de cacaovariant.
Honden met twee kopieën van de cacaovariant kunnen cacao-kleurig zijn, maar de uiteindelijke kleur van de hond hangt ook af van andere genen die de vachtkleur bepalen.
